Panevėžio muziejaus ištakų reikia ieškoti XX amžiaus pradžioje. Jau tuomet privačiuose rinkiniuose esančias kolekcijas bandyta jungti į vieningą ekspoziciją. 1908 m. miesto Dūma svarstė muziejaus ir bibliotekos įkūrimo klausimą. Savivaldybė suprato šių įstaigų svarbą, bet jų steigimas buvo atidėtas dėl lėšų stygiaus.
Susikūrus moderniai Lietuvos valstybei, gimtojo krašto tyrimo darbai įgijo visai kitą lygmenį. Jau 1919 m. Panevėžio vyrų gimnazijoje entuziastų būrys ėmė rinkti etnografinę medžiagą. 1923 m. joje įsikūrė Gimtajam kraštui tirti būrelis – pirmoji Lietuvoje regioninė kraštotyros draugija. Kitais metais buvo įkurta Panevėžio gimtajam kraštui tirti draugija, kurios vienas iš pagrindinių uždavinių buvo muziejaus įsteigimas. Draugijos ir muziejaus steigimo iniciatoriai – apskrities viršininkas Vladas Rozmanas (vėliau daug prisidėjęs prie Rokiškio bei Biržų muziejų įkūrimo), žymus gamtininkas Jurgis Elisonas, kalbininkas, mokytojas Petras Būtėnas, mokytojas Petras Bliumas, teisininkas, visuomenės veikėjas Jonas Moigis. Šių žmonių dėka 1925 m. sausio 18 d., minint Klaipėdos krašto prijungimo antrąsias metines, seniausiame miesto pastate, buvusiame Upytės pavieto teismo archyve, buvo iškilmingai atidaryta pirmoji muziejaus ekspozicija.
Jurgis Elisonas (1889–1946 m.)
Pradžioje muziejus veikė daugiausia visuomenės pilietiškumo dėka. Rinkinio pagrindą sudarė steigėjų dovanoti eksponatai. Vėliau daug senienų surinko įvairių mokyklų mokiniai, nemažai jų sukaupta Gimtajam kraštui tirti draugijos organizuotų etnografinių ir archeologinių ekspedicijų metu. Tarpukario Panevėžio spaudoje buvo rašoma apie vežimais į muziejų gabenamus dovanotus vertingus eksponatus. Mūsų mieste palikti tik su šiuo kraštu susiję eksponatai, kiti papildė įvairių Lietuvos muziejų rinkinius. Retos knygos buvo perduotos Kauno universiteto bibliotekai, geriausi archeologiniai radiniai iš Venslaviškių, Raginėnų, Rimaisų perduoti Kauno Vytauto Didžiojo muziejaus ekspozicijai įrengti.
Panevėžio muziejaus rinkiniai kaupėsi gana sparčiai. 1925 m. muziejuje buvo apie 2000 vienetų, o 1939 m. – daugiau kaip 12000 eksponatų.
Pirmojoje Kranto gatvėje įsikūrusio muziejaus ekspozicijoje buvo Istorijos, Gamtos, Numizmatikos ir Keramikos skyriai. 1927 m. įsteigtas Archeologijos skyrius, Keramikos skyrius tapo Liaudies meno, o nuo 1934 m. – Etnografijos skyriumi. Buvo planuojama įkurti Lietuvos kariuomenės savanorių ir Pedagoginį skyrius.
Kranto gatvėje muziejus veikė neilgai, iki 1932 m. Gausėjant eksponatų ir plečiantis ekspozicijai, teko ieškoti erdvesnių ir geresnių patalpų. Muziejus kelis kartus kraustėsi iš vieno pastato į kitą.
Pirmoji muziejaus ekspozicija
1936 m. buvo sumanyta Panevėžyje pastatyti muziejaus rūmus kaip paminklą Lietuvos nepriklausomybei. Tam buvo kaupiamos lėšos, parengtas pastato projektas, nupirktas sklypas A. Jakšto prospekte, tačiau 1940 m. Lietuvos okupacija sugriovė prasmingus planus.
Tarpukariu muziejuje dirbo vienas nuolatinis darbuotojas, kuriam talkino savanoriai, daugiausia Gimtajam kraštui tirti draugijos nariai. Iki 1934 m. muziejui vadovavo Stasys Banelis, vėliau – Antanas Kasperavičius. Numizmatika rūpinosi Petras Bliumas, senoviniais dokumentais – P. Šalčius.
Antanas Kasperavičius (1898–1963 m.)
Per pirmuosius penkiolika muziejaus gyvavimo metų buvo nubrėžtos kelių vėlesnių dešimtmečių veiklos kryptys. Pradėtas nuoseklus krašto praeities ir gamtos tyrimas, suformuotos rinkinių kolekcijos, kurių kaupimas tęsiamas ir šiandien. Tarpukariu muziejus tapo vienu svarbiausių Panevėžio krašto kultūros židinių.
Antrojo pasaulinio karo metai muziejui atnešė didelių sukrėtimų. Tais metais veikė Archeologijos ir Gamtos, buvo ruošiamos atidaryti Etnografijos ir Visuomeninio gyvenimo istorijos ekspozicijos.
Muziejaus ekspozicija 4-ame dešimtmetyje
1942 m. muziejaus vedėju paskirtas Dominykas Urbas. Tai buvo pirmasis specialų pasiruošimą turėjęs muziejininkas, išėjęs Pauliaus Galaunės mokyklą, iki tol dirbęs Kauno kultūros muziejuje. D. Urbo dėka į muziejų pateko visų mūsų pasididžiavimas – Panevėžio lenkų gimnazijos gamtos mokytojo Valerijono Straševičiaus pasaulio vabzdžių kolekcija, iki šiol išliekanti viena didžiausių ir įspūdingiausių Lietuvoje.
Karo pabaigoje muziejus patyrė didelių nuostolių, kadangi jo patalpose buvo įsikūrusi karo ligoninė. Eksponatai buvo slepiami įvairiose vietose, deja, visų jų išsaugoti nepavyko – dalis vertybių suniokota. Muziejaus archyve saugomas iš po griuvėsių ištrauktų ir muziejui grąžintų eksponatų sąrašas. Žuvo beveik visi muziejaus dokumentai, todėl net ir išlikę eksponatai yra be aprašymų. Išliko graudus dokumentas – miesto Švietimo skyriaus prašymas leisti pasikalbėti su NKVD suimtu D. Urbu, vieninteliu, žinojusiu, kur buvo išslapstyti eksponatai.
Dominykas Urbas (1908-1996)
Pokario metai muziejui buvo nelengvi. 1945 m. jis įsikėlė į Respublikos g. 3 pastatą, kuriame gyvavo ilgiausią tarpsnį – net keturiasdešimt metų. 1947 m. atidaryta pirmoji pokarinė ekspozicija. Ją sudarė Archeologijos, Numizmatikos, Istorijos, Didžiojo Tėvynės karo, Socialistinis, Pramonės, Zoologijos skyriai. Mokslinė muziejaus veikla judėjo sunkiai – dažnai jame dirbo atsitiktiniai žmonės.
1954 m. muziejaus direktore pradėjo dirbti Jadvyga Rimšelienė (šias pareigas ji ėjo iki 1988 m.). Padėtis muziejuje ėmė keistis. Prasidėjo nuoseklus rinkinių dokumentavimo ir tvarkymo darbas, atnaujintos reguliarios etnografinės ir archeologinės ekspedicijos. 1968 m. baigta įrengti teminė – chronologinė ekspozicija. Išaugo muziejaus darbuotojų skaičius, ypač jų padaugėjo 8–9 dešimtmetyje.
1976 m. pakeista muziejaus struktūra: įsteigti Fondų, Ikitarybinės visuomenės, Tarybinės visuomenės ir Parodų skyriai. 1987 m. įkurtas Gamtos skyrius.
1985 m. muziejus persikėlė į naujas patalpas Vasario 16-osios g. 23, į rekonstruotą Moigių namų dalį. Keistas ir simboliškas likimo vingis: būtent notaro J. Moigio kontoroje įvyko Gimtajam kraštui tirti draugijos posėdis, kuriame buvo nutarta įkurti muziejų! 1987 m. buvo atidaryta nauja ekspozicija. Ją sudarė du skyriai – Ikitarybinis ir Tarybinis. 1989 m. Tarybinė ekspozicija buvo nuimta, jos vietoje imta ruošti nuolatinė Gamtos ekspozicija.
Dideli pokyčiai muziejuje vyko Lietuvai atgavus nepriklausomybę. Tuo metu jam vadovavo Gintaras Šileikis. 1990 m. Ikitarybinės ir Tarybinės istorijos skyriai perorganizuoti į Istorijos skyrių, pradėta keisti rinkinių tvarkymo sistema. Muziejus atgavo likusią Moigių namų dalį, buvo paruoštas jos rekonstrukcijos projektas.
1991 m. įsteigtas Etninės kultūros skyrius.
1993 m. muziejui perduota Smilgių etnografinė sodyba.
XXI a. pradžioje muziejuje vyko intensyvi veikla, jis siekė modernizuotis ir prisitaikyti prie šiandieninės bendruomenės poreikių. 2000 m. muziejuje įsteigtas Restauravimo ir konservavimo skyrius. Tais pačiais metais muziejus pirmasis iš miesto kultūros įstaigų pristatė savo interneto svetainę. 2002 m. iš dalies atnaujinta Istorijos ekspozicija, joje įrengti XX a. pradžios interjerai. 2003 m. restauruotas seniausias Panevėžio pastatas Kranto g. 21, kuriame 2007 m. atidaryta ekspozicija „Upytės bajorai“.
Jubiliejinės parodos „Panevėžiui 500“ m. rengimas. G. Lukoševičiaus nuotrauka, 2003.
2004 m. veiklą pradėjo muziejaus filialas – Pasipriešinimo sovietinei okupacijai ir Sąjūdžio muziejus. Rugpjūčio 23 dieną jame atidaryta patraukli, šiuolaikiška ekspozicija. 2005 m. atnaujinta ir lankytojų pamėgta krašto priešistorės ekspozicija.
2006 m. po rekonstrukcijos atidarytas Moigių namų komplekso pastatas Vasario 16-osios g. 25A. Jame įrengta šiuolaikiška parodų salė, edukacinė klasė, saugyklos. Atsirado galimybė rengti patrauklias istorines parodas, panaudojant modernias priemones. Muziejuje kasmet surengiama keliolika stacionarių parodų įvairiomis temomis, po visą Lietuvą keliauja mūsų kilnojamosios parodos.
Muziejų naktis. G. Kartano nuotrauka, 2019.
Nuo 2008 m. muziejus kasmet rengia konferencijas-diskusijas, skirtas Juodojo kaspino ir Baltijos kelio dienai.
2009 m. Smilgių etnografinė sodyba bei skulptoriaus Juozo Zikaro memorialinė sodyba Paliukų kaime, Paįstrio seniūnijoje, perduoti Panevėžio rajono savivaldybės administracijai.
2011 m. duris atvėrė ekspozicija „Kryždirbystė Aukštaitijoje“, skirta į UNESCO pasaulio paveldo sąrašą įtrauktam Lietuvos kultūros elementui.
2011 m. rugsėjo 1 d. veiklą pradėjo muziejaus Edukacijos ir informacijos skyrius.
2014 m. atidaryta moderni ekspozicija „Gamtos medija: stebėjimas, tyrinėjimas, išsaugojimas“. Tais pačiais metais muziejuje surengtos dvi pirmosios tarptautinės parodos: spalio mėn. – paroda iš Huso miesto istorijos muziejaus (Nyderlandai) „Siuvinėjimo darbai iš De Bevelanden“; lapkričio mėn. pristatyta menininko Melo Marso (didžioji Britanija) keramikos paroda.
2016 m. Moigių parodų salėje atidaryta ilgalaikė paroda „Dvaro vartus atvėrus“. Pristatyta Raguvėlės dvaro XVII–XIX a. tapybos darbų kolekcija iš Nacionalinio M. K. Čiurlionio dailės muziejaus rinkinių. Rengėjai: J. Gaidelienė, Z. Pikelytė ir D. Petrulis, dailininkė G. Stasevičienė, restauratorė B. Kaziukonienė.
2018 m. atidaryta lauko paroda „Panevėžio gatvės: žmonės, įvykiai, vaizdai“. Miesto erdvėse įrengti lauko stendai. Rengėjas D. Juzėnas.
Muziejininkai kasmet įvairiuose leidiniuose paskelbia keliasdešimt publikacijų. Didžiulis darbas atliktas 2003 m. leidžiant miesto istoriją „Panevėžys: nuo XVI a. iki 1990 m.“ Muziejus kasmet išleidžia po keletą leidinių, ypač daug nuveikta publikuojat senąsias nuotraukas, rengiant rinkinių katalogus. Nuo 2007 m. muziejaus tinklalapyje plėtojamas tęstinis internetinis leidinys „Skaitmeninė Panevėžio istorijos biblioteka“, skelbiantis regiono istorijos tyrimus, senuosius leidinius ir dokumentus.
Nuo 1998 m. muziejuje rengiamos krašto praeičiai skirtos konferencijos „Iš Panevėžio praeities“, kuriose pranešimus skaito didžiausi istorijos mokslo autoritetai. Konferencijų medžiaga išleidžiama atskirais leidiniais. Tai vienas iš ilgiausią tąsą turinčių šio pobūdžio projektų Lietuvoje.
Muziejaus darbuotojai per metus surengia šimtus įvairių renginių, kurių didžiąją dalį sudaro edukaciniai užsiėmimai moksleiviams. 2009 m. ir 2014 m. pristatytas edukacines programas Lietuvos muziejų asociacija apdovanojo „Geros idėjos“ prizais. Taip pat organizuojame viešus renginius atvirose miesto erdvėse. Didžiausi iš jų: kasmet rengiama „Europos muziejų naktis“, 2011 m. suorganizuota miesto gimtadienio šventė „Aukštaičių suktinis“, 2014 m. surengta „Vasarvidžio šventė“.
Nors iš pirmo žvilgsnio atrodo, kad muziejaus veiklos objektas yra praeities tyrimas, o iš tikrųjų, naudojantis paveldu, jo misija yra aktyviai veikti dabartinę visuomenę, puoselėti jos tapatybę ir kultūrą. Muziejus yra viena aktyviausių ir lankomiausių Panevėžio kultūros įstaigų, o muziejininkų indėlis į miesto bendruomenės gyvenimą yra labai svarbus ir svarus.
Muziejaus kolektyvas Panevėžio miesto šventėje. L. Vilienės nuotrauka, 2019-09-07